Los impactos del cultivo del salmón son diversos y están documentados por diferentes artículos e investigaciones científicas. Están asociados principalmente, a la afectación directa del ecosistema marino. Las distintas crisis ambientales que ha vivido Chile (segundo productor de salmones a nivel mundial) han evidenciado y demostrado cómo la salmonicultura destruye el medio ambiente de manera muy agresiva. Un ejemplo, es la contaminación de las aguas, el potencial desarrollo de floraciones algales nocivas (marea roja) , la pérdida de biodiversidad,entre otros. Muchos de estos daños pueden tardar décadas en ser reparados e incluso pueden ser irreversibles.
En resumen, los impactos de la industria son:
- Contaminación de las aguas por constante incorporación de nutrientes, lo que está directamente relacionado con el desarrollo de mareas rojas más persistentes y tóxicas, que pueden llegar a matar a los animales y contaminar a otras especies del mar como mariscos, que luego no pueden ser consumidos.
- Alto uso de antibióticos, pesticidas, químicos y colorantes.
- Afectación a la biodiversidad local y pesca artesanal por escapes de salmones y traspaso de enfermedades (los salmones son especies carnívoras de devoran todo a su paso).
- Sobre paso de la capacidad de carga del ecosistema, generando crisis como el VIRUS ISA, o masivas mortandades.
- Devastación de los fondos marinos.
- Afectación del turismo por intervención paisajística.
- Generación de condiciones anóxicas (pérdida total o parcial del oxígeno en el agua) que afecta la capacidad del mar para albergar la vida.
- Muerte de ballenas por colisiones con embarcaciones o atrapamiento en las redes de las balsas jaulas.
- Matanza de lobos marinos, como mecanismo de control de su rol como depredadores de especies de salmones.
- Presión sobre poblaciones de peces salvajes que son utilizados para elaborar el alimento balanceado que consumen los peces de criadero. Se necesita entre 2 y 3 kg de otros peces, para producir 1 kg de salmón.